Tras los primeros años del Imperial Colegio de Santa Cruz de Tlatelolco, los resultados que se observaron fueron muy favorables a tal grado que muchos de los estudiantes pronto se convirtieron en parte de la planta docente y de la administración. Algunos de ellos colaboraron con los franciscanos en la redacción de obras históricas como es el caso de fray Bernardino de Sahagún y fray Andrés de Olmos, entre otros. Poco a poco se estaba logrando el objetivo que se habían planteado el arzobispo Juan de Zumárraga y el presidente de la primera Audiencia, Sebastián Ramírez de Fuenleal, de contar con un colegio en el que se buscará el acercamiento de los españoles e indígenas para formar a jóvenes principales que habrían de influir en sus respectivas comunidades.
Con el paso del tiempo la situación de la Nueva España fue ocasionando que se perdiera el interés por mantener con vida esta importante institución para la formación de indígenas. El colegio dejó de estar manos de los franciscanos, aunque nunca permanecieron alejados de su entorno. En cuanto a los resultados académicos, muchos indígenas leían y escribían en latín, como lo muestran dos de las obras más importantes en las que contribuyeron y surgieron de dicho lugar, el Códice Florentino y el Libro de las hierbas medicinales de los indios o Códice de la Cruz Badiano.
Al mediar el siglo XVI una serie de cambios se fueron presentando en todos los ámbitos de la sociedad, situación que aquejó el funcionamiento del colegio. Las dos epidemias del cocoliztli afectaron severamente a la población indígena. En 1564 surgió otra epidemia que también afectó a los miembros del Colegio de Santa Cruz, aunque no de la forma en que lo hicieron las de 1545 y 1576.
Hasta este momento el plano de la educación para los indígenas era estable, con sus altibajos, el Colegio de Santa Cruz de Tlatelolco, dio cuenta de las capacidades de los indios para la adopción de una cultura renacentista que proyectaba un ambiente humanista para los indígenas. Pero qué pasó con los mestizos y los criollos, que también fueron parte importante en la conformación de la Nueva España.
Desde años atrás se mostraba la necesidad de crear una institución de educación superior para los criollos y mestizos. El Ayuntamiento de la ciudad, las órdenes religiosas y la insistencia del virrey Antonio de Mendoza, consiguieron que el emperador Carlos V expidiera la cédula de fundación de la Real y Pontificia Universidad de México en 1551.
Como lo han mencionado algunos autores, la cédula real estableció que la nueva fundación gozaría de tantos privilegios como la Universidad de Salamanca; asimismo, prescribió que el virrey y la Audiencia se ocuparían de todo lo relativo a su puesta en marcha y organización. El rey, por haber fundado la universidad era su patrono, es decir se ocupaba del sostenimiento de la institución y podía dictar los estatutos de la nueva institución. La Real y Pontificia Universidad de México siempre se mantuvo ligada a la Corona Española, a través del Consejo de Indias, o bien, por los virreyes y los oidores de la Real Audiencia.
Los estudios en la Universidad estaban organizados por facultades: la facultad menor o de Artes y las cuatro facultades mayores de Medicina, Derecho Civil o Leyes, Derecho Eclesiástico o Cánones y Teología. La Facultad de Artes, que correspondía a lo que actualmente es la enseñanza preparatoria, requería de tres años de estudio en la cátedra de lógica y en la de filosofía. Una vez obtenido el bachillerato en artes, los estudiantes podían pasar a cualquiera de las cuatro facultades mayores.
Las cuatro facultades eran Medicina bajo los preceptos de los médicos griegos Hipócrates y Galeno, Leyes con los principios del derecho romano, Cánones donde se dedicaban al estudio del derecho eclesiástico y teología, cuyo principio se basaba en la lectura de los libros de los dogmas de la iglesia.
Gracias a la naciente universidad se crearon las condiciones para formar una minoría de letrados para ocupar cargos en la burocracia de la Nueva España y la iglesia, toda vez que la mayoría de los puestos importantes en la administración novohispana se encontraban en manos de los españoles.
Fueron muchos los personajes que pasaron por las aulas de la universidad, hombres letrados que se habían formado en las universidades medievales o en los colegios de los conventos. De entre tantos se puede mencionar a Francisco Cervantes de Salazar, fray Alonso de la Veracruz y Carlos de Sigüenza y Góngora, destacados humanistas que se encargaron de hacerla funcionar a pesar de las vicisitudes políticas y económicas por las que atravesaba la Nueva España.
El impacto que tuvo la universidad en la Nueva España, primera en el continente americano, fue trascendental, ya que para la conformación de una sociedad como la novohispana era necesaria una institución de educación superior para darle continuidad a la formación que se ofrecía en los colegios. La matrícula se componía principalmente por españoles y criollos, aunque fueron pocos, y eso sí, una presencia casi nula de estudiantes indígenas. Como sucede en la actualidad, el ingreso era muy restringido por el alto costo que representaba, situación que se manifestaba como un obstáculo para la mayor parte de la población.
Poco a poco la Universidad se fue consolidando como la más importante de América; será hasta el siglo XIX con la efervescencia de la ideología liberal que se trunca su labor educativa.
La situación educativa durante la Nueva España y posteriormente México se componía de los colegios de los conventos de órdenes masculinas y femeninas, colegios de indios y demás centros de instrucción. Con el paso de los años, y como se refleja actualmente, muy pocas personas, como ayer y hoy, tienen acceso a una educación superior de calidad, dada su situación y condición.
