Con motivo de la celebración del 16 de septiembre de 1867, Gabino Barreda pronunció un discurso de hondas repercusiones donde juzgó la realidad mexicana inspirado por el pensamiento de Augusto Comte. Entre sus ideas, se proponía reformar el antiguo sistema educativo, desde la educación primaria hasta el nivel superior con el apoyo del presidente Juárez. Antes de crear instituciones educativas nuevas, realizó un análisis de los antiguos centros educativos tomando en cuenta los colegios que existieron desde la época colonial.
En su momento, Valentín Gómez Farías y José María Luis Mora, propusieron imitar el sistema de la escuela Lancasteriana, que consistía en sondear a los mejores alumnos para enseñar a sus compañeros. Esta propuesta no se consolidó por los conflictos que surgieron cuando los liberales atacaron las corporaciones. En el caso de la universidad, durante la primera reforma de 1833, su desaparición fue efímera, pero en uno segundo ataque se prolongó hasta 1867, con la opción de ser definitiva.
Las ideas liberales de Maximiliano Habsburgo sobre la instrucción pública sentaron las bases del proyecto educativo que se implementaría durante el porfiriato. Justo Sierra reclamó a Valentín Gómez Farías y a José María Luis Mora que, tras la supresión de la Universidad en 1833, no hubiesen creado una Universidad Nacional y eminentemente laica para sustituirla.
Gabino Barreda creía que la diversidad de cultos producía un distanciamiento entre los hombres. Entre sus propósitos se encontraba “la necesidad de formar una escuela típicamente preparatoria, que no fuese exclusivamente un puente hacia las profesiones, sino que sirviera para la formación de los hombres, dar a la juventud la base intelectual necesaria para hacerla más apta para la lucha por la vida”. Por esta razón, en 1867 se decretó la fundación de la Escuela Nacional Preparatoria, cuyas funciones iniciaron hasta un año después, con el mismo Barreda como su director.
En este contexto y durante estos años, apareció en escena don Justo Sierra Méndez, cuando se graduó como Licenciado en Derecho en 1871. De la diversidad de actividades que desempeñó, fue redactor de varios periódicos importantes de la época, entre éstos, El Federalista, El Libre Pensador y El Siglo XIX. Cuando empezó a dar clases de Lógica se unió a un grupo ortodoxo de positivistas muy cercano a Benito Juárez. Poco a poco se fue adentrando en los ámbitos educativo y político del país. Muy cercano a Sebastián Lerdo de Tejada tomó posesión de una curul en la Cámara de Diputados como representante de Chicontepec, Veracruz. Durante este tiempo escuchó a Ignacio Manuel Altamirano, admirando la elocuencia del que había sido su maestro durante su estancia en el Colegio de San Ildefonso.
En 1873, ingresó como redactor del diario de jurisprudencia El Faro, donde conoció a José Ives Limantour, que era el redactor principal de este periódico. En ese contexto conoció a diferentes personajes de influencia política en el país, con los que Justo Sierra convivió muy de cerca y con los que más tarde serían la guía del régimen porfirista.
Después de seguir a José María Iglesias en su aventura presidencialista, regresó a la ciudad de México en 1877 para ser catedrático de historia y cronología en la Escuela Nacional Preparatoria, sustituyendo ni más, ni menos, que a Ignacio Manuel Altamirano; este gusto que le duró muy poco, pues, en 1878 fue nombrado Ministro Plenipotenciario en Alemania, durante el primer gobierno de Díaz.
Después de separarse de la redacción de El Federalista, y de seguir a Iglesias; inició con Telésforo García y otros, la publicación de La Libertad, inspirados en la influencia intelectual de Emilio Castelar, lo convirtieron en un periódico liberal y positivista, con cierto peso en la sociedad, al mantener una lucha ideológica con la Constitución de 1857. Durante estos años el positivismo fue fuertemente atacado por el dominio que representaba como sistema pedagógico en la Escuela Nacional Preparatoria, además de ser censurado por la iglesia.
A partir de este momento inició la labor educativa de Justo Sierra Méndez cuando presentó dos proyectos que impactaron en la educación nacional.
El 7 de octubre de 1880 presentó el proyecto de adición a la Constitución sobre la “instrucción primaria obligatoria”. Ese día en la Cámara de Diputados se le dio una primera lectura a un artículo único: “La instrucción primaria es obligatoria en toda la República Mexicana para los niños de ambos sexos, de seis a doce años, en un plazo de dos años la educación primaria será obligatoria y gratuita en toda la República”.
El 7 de abril de 1881, en unión con otros diputados, presentó ante la Cámara de Diputados el Proyecto de Ley Constitutiva de la Universidad Nacional. Aprovecharon la ocasión para propugnar, unos meses después, desde la tribuna, la prensa y la cátedra, la creación de la Universidad y reformas a la enseñanza.
En el proyecto se proponía una universidad positivista vinculada al gobierno, aunque con independencia académica, pero con el objetivo de preservar al positivismo en la institución tan importante, en el caso de que prosperaran los ataques contra la preparatoria, podría conservar la confianza y simpatía de la mayoría de las autoridades. La demanda de independencia académica era clave, pues protegía al positivismo de ataques de los políticos y funcionarios en turno. Es así como el proyecto universitario de Justo Sierra buscaba la salvación del positivismo mexicano.
Se estableció la capital de la república como sede de la universidad. Al ser una institución independiente, en su jurisdicción quedaron comprendidas las escuelas: Preparatoria, secundaria para mujeres, Bellas Artes, Comercio y Ciencias Políticas, Jurisprudencia, Ingenieros, Medicina, Normal y Altos Estudios; así mismo, los edificios que ocupaban pasaron directamente al servicio de la Institución y propiedad de la Universidad. Se crearon ciertos estatutos relativos a la elección de directores y profesorado, requisitos para ingresar y para titularse, la adquisición de bienes; y el derecho del ejecutivo a la hora de definir las atribuciones de las autoridades universitarias, así como al mecanismos internos.
En 1884 el presidente Porfirio Díaz lo nombró director interino de la Escuela Nacional Preparatoria. Cinco años más tarde, en 1889, fundó y dirigió la Revista Nacional de Letras y Ciencias, y fue designado presidente del Primer Congreso Nacional de Instrucción Pública, situación en la que su labor educativa despuntó en beneficio del país.
