Tras 22 años de carrera y cinco Copas del Mundo, Rafa Márquez se despidió de las canchas con la eliminación de la Selección Mexicana de Futbol en los Octavos de Final de la Copa del Mundo Rusia 2018.
Su último encuentro como profesional fue contra Brasil en la fase de 16 en Rusia 2018, en el que fue titular y jugó 45 minutos; salió de cambio al medio tiempo por Miguel Layún.
Márquez Álvarez se formó en las fuerzas básicas del Atlas, equipo con el que debutó en el Torneo Invierno 96 en un partido ante los Pumas de la UNAM, y en el cual se despidió en la última fecha del Torneo Clausura 2018 de la Liga MX.
Rafa Márquez se consolidó en la zaga central del Atlas, con el que llegó a la final del Torneo Verano 99, la cual perdió en serie de penales con el Toluca.
Con 20 años de edad fue transferido al Mónaco de la Ligue 1 de Francia; ahí logró el título de la temporada 1999-2000, además de ser reconocido como el mejor en su posición.
Luego de cuatro años con el cuadro del principado, el Barcelona se fijó en él y lo incorporó a sus filas para la temporada 2003-2004 en la que tuvo ciertos altibajos.
Fue para el año siguiente cuando se convirtió en titular indiscutible en la zaga blaugrana para conseguir el campeonato, así como la Súper Copa de España.
Estuvo hasta 2010 con los catalanes; consiguió la Liga de España en 2006, 2009 y 2010, además de la Súper Copa de España 2006 y 2009, así como la Copa del Rey 2009.
A nivel internacional, conquistó la Liga de Campeones 2006 y 2009, así como el Mundial de Clubes Emiratos Arabes Unidos 2009.
Tras un breve y poco productivo pase por la MLS con el Nueva York RB, regresó a México con el León, en donde fue bicampeón en el Apertura 2014 y Clausura 2014.
A nivel de selección nacional fue citado por primera vez en 1997 por el serbio Bora Milutinovic para un duelo amistoso con Ecuador.
Rafa disputó la Copa Oro 2003, 2007 y 2011; además de la Copa América Paraguay 99, Colombia 2001, Perú 2004, Venezuela 2007 y la Centenario 2015 . Su primera Copa del Mundo fue en Corea-Japón 2002, en la que fue expulsado en octavos de final ante Estados Unidos.
En Alemania 2006, marcó su primer gol ante Argentina en Octavos de final, mientras que para Sudáfrica 2010 logró el tanto del empate ante el conjunto anfitrión en el juego inaugural.
Para Brasil 2014, fue pieza clave en el esquema de Miguel Herrera y en la primera ronda consiguió su tercera anotación en justas mundialistas cuando se hizo presente ante Croacia.
Y en Rusia 2018 se convirtió en el tercer jugador en disputar cinco Copas del Mundo al entrar de cambio en el juego en que México venció a Alemania.
