A través de una investigación periodística, el medio Animal Político y Mexicanos contra la Corrupción e Impunidad (MCCI) revelaron que el Gobierno Federal entregó contratos ilegales por 7 mil 670 millones de pesos, de los cuales 3 mil 433 millones están desaparecidos.
La metodología fue similar a la que usó el exgobernador de Veracruz, Javier Duarte: utilizar empresas fantasma para desviar recursos a través de 11 dependencias, y 8 universidades del Estado de México, Morelos, Tabasco y Campeche como intermediarias.
Entre las dependencias señaladas en la Estafa Mestra se encuentran la Secretaría de Desarrollo Social (Sedesol), durante la gestión de Rosario Robles Berlanga; el Banco Nacional de Obras (Banobras), con el actual gobernador del Edomex., Alfredo del Mazo Maza; la Secretaría de Educación Pública (SEP) durante la gestión de Emilio Chuayffet; la Secretaría de Comunicaciones y Transportes (SCT), con Gerardo Ruiz Esparza como secretario; la Secretaría de Economía, con Ildefonso Guajardo y Petróleos Mexicanos (Pemex), desde 2011, cuando era director Juan José Suárez y continuaron en la gestión de Emilio Lozoya.
Las universidades involucradas como intermediarias recibieron entre 10 y 15% de comisiones. Estas son la Universidad Autónoma del Estado de México, con Jorge Olvera García, como rector involucrado, y su Fondo de Fomento y Desarrollo de la Investigación Científica y Tecnológica (FONDICT), con Erick Herzaín Torres Mulhia como Director General.
La Universidad Autónoma del Carmen, Campeche, con José Antonio Ruiz Hernández y Sergio Augusto López Peña, como rectores involucrados; de igual forma la Universidad Autónoma del Estado de Morelos, con Alejandro Vera Jiménez.
Las instituciones tabasqueñas son la Universidad Popular de la Chontalpa, cuyos rectores involucrados son José Víctor Zárate, José Luis Hernández Lazao y Pedro Javier Muñoz Vergara; la Universidad Juárez de Tabasco, con José Manuel Piña Gutiérrez; la Universidad Politécnica del Golfo de México, con Luis Andrés Domínguez; el Instituto Técnico Superior de Comalcalco, con Carlos Mario Olán López; y la Universidad Tecnológica de Tabasco, con Fernando Calzada Falcón como rector comprometido.
Las dependencias federales eludieron la Ley de Adquisiciones que establece que las universidades deben realizar al menos 51% del servicio contratado, pero no fue así. Se desconoce quién se encargó de las actividades para las que se establecieron los contratos.