Emilio Lozoya se desempeñó como director de Petróleos Mexicanos (Pemex) durante cuatro años en el sexenio de Enrique Peña Nieto (2012 a 2016), siendo luego sustituido por José González Anaya –quien fuera director general del Instituto Mexicano del Seguro Social–.
En 2016, se le señaló como partícipe del caso Odebrecht, donde la constructora brasileña habría repartido sobornos a funcionarios gubernamentales de 10 países para ganar obras públicas.
Los presuntos primeros pagos que habría recibido Lozoya Austin por parte de la empresa serían en 2012, cuando fungía como Coordinador de Vinculación Internacional en la campaña presidencial de Peña Nieto, por lo que estarían destinados a financiar la misma.
A inicios de julio de 2019, la Fiscalía General de la República (FGR) giró una orden de aprehensión en su contra y de cuatro personas más, entre ellas su esposa, Marielle Helene Eckes; su mamá, Gilda Austin de Lozoya; y su hermana, Gilda Susana Lozoya Austin, para responder por dichas acusaciones.