Una de las facetas poco profundizadas en el ámbito coloquial del padre Hidalgo, es su desarrollo como Teólogo consumado en su tiempo como profesor en el aclamado colegio de San Nicolás, donde impartió enseñanzas, su etapa como rector del mismo y su periodo entre parroquias.

Para algunos historiadores Hidalgo es el heredero del pensamiento reformador Jesuita del Siglo de las Luces, pensamiento que causo su expulsión de los territorios españoles en el año de 1767, por difundir las ideas “sanguinarias” del tiranicidio, tesis propuesta por el teólogo Jesuita Francisco Suarez (1548-1617), donde se justificaba la licita rebelión del pueblo ante un rey tirano y se deba la posibilidad de dar muerte al rey.
Este pensamiento y los realizados por teólogos criollos que hacían fehaciente el nacionalismo y aspiración de autonomía de la Nueva España por sobre la Corona, nacido de las mentes de Francisco Xavier Clavijero y Francisco Xavier Alegre, quienes seguían la corriente de crítica sobre el monopolio ejercido por 15 000 españoles peninsulares, sobre un país de más de 6 millones de novohispanos.
Por su parte Servando Teresa Mier llego a afirmar que el derecho de los españoles sobre las tierras americanas no se podía justificar en su trabajo evangelizador en ellas, pues estas tierras ya habían sido evangelizadas por Quetzalcóatl, quien no era otro más que el apóstol Santo Tomas.
Hidalgo ingreso en 1765 al prestigioso colegio de San Nicolás, en Valladolid, Michoacán, junto a su hermano Joaquín, donde según testimonios de Lucas Alamán “se distinguió en los estudios que hizo en el colegio de San Nicolás… en el que después dio con mucho lustre los cursos de filosofía y teología, y fue rector del mismo establecimiento”.
El 25 de junio de 1767 presenció con impotencia la expulsión de sus maestros los jesuitas, por orden del rey Carlos III de Borbón. En 1773 se le concedió el bachillerato en Teología, título que le valió la oportunidad de ser por 14 años profesor, posteriormente Tesorero, Vicerrector y Rector de la afamada institución.
Para 1784 Hidalgo se hace notar como un gran Teólogo en ciernes gracias al concurso que el Doctor José Pérez Calama, reconocido teólogo y Deán de la Catedral de Valladolid, promovió, ofreciendo en premio doce medallas de plata al estudiante en Teología que presentara las dos mejores disertaciones, una en latín y otra en castellano, sobre el verdadero método de estudiar la Teología.
Hidalgo en defensa de la Teología Positiva y frente a la interminable hermenéutica de la Teología Especulativa, presento sus “Disertaciones sobre el verdadero método de estudiar Teología Escolástica”, que, aunque Alamán la califica de “no muy ortodoxa”, esta fue tan brillante que le valió la aprobación y elogios del Doctor Calama, quien se expresó así del joven Hidalgo:
“con mayor jubilo de mi corazón preveo, que llegara a ser Vmd. Luz puesta en Candelero o Ciudad colocada sobre un monte. Veo que es Vmd. Un joven que cual gigante sobrepuja a muchos ancianos que se llaman Doctores y Grandes teólogos”.
Hizo gran amistad con el Obispo Antonio de San Miguel, Obispo de Michoacán, ya que ambos eran seguidores de la Teología Positiva, la protección que este prelado le concedió a los Hidalgo ascender y tomar el control de buenas parroquias.
Sus opiniones teológicas, que durante su juventud fueron aplaudidas, durante su etapa parroquial fueron motivo de asombro, censura y terminaron por enfrentarlo al tribunal de la Santa Inquisición.
Para su feligresía, en especial la de San Felipe Torres Mochas, su comportamiento fue calificado de extravagante. Su manía por el juego y las deudas le valió el apelativo de “disipado. Aunque fueron sus declaraciones las que más causaron revuelo, aun la época en que vivió, Hidalgo se atrevió a afirmar que la fornicación no era un pecado, pues era una evacuación natural, tal aseveración la predicaba en el confesionario, donde se le acuso también de ser “libre en el trato con las mujeres” y llegar al grado de confesar que vivía en amasiato.
Cuando la inquisición lo interpelo sobre esto, el cura se defendió con astucia argumentando que la concupiscencia era natural al hombre y que se podía sostener por medios lícitos a través del matrimonio, mientras que la concupiscencia voluntaria y la fornicación no podía ser licita, para lo cual se apoyaba en la opinión de Teólogos como Santo Tomas de Aquino y Gonet.
Y aunque fue tomado como un frenesí, Hidalgo no se lanzó a la lucha armada sin una justificación, política y teológica, Morelos al igual que su viejo maestro amparó su levantamiento según el “Itinerario para párrocos de indios” (1668) que los facultaba para empuñar las armas “cuando hay una necesidad grave y utilidad grande de la Republica”, mimo recurso interpuesto por más de 400 clérigos que a lo largo de la lucha libertaria se enrolaron como líderes en armas.
Sus argumentos morales, teológicos y políticos iban imbuidos en sus proclamas, que levantaron multitudes tras de él. Hidalgo al final de su vida fue acusado por el tribunal de hereje, dando por bunas las acusaciones hechas contra él desde 1800. Y de apostasía, por utilizar su categoría sacerdotal para incitar a la rebelión, pero para los indígenas e insurgentes Hidalgo “es un Santo que habla con la virgen”.